Η Εφορεία Αρχαιοτήτων Ιωαννίνων είναι περιφερειακή υπηρεσία του Υπουργείου Πολιτισμού, με έδρα τα Ιωάννινα και αρμοδιότητα που εκτείνεται στη Π.Ε. Ιωαννίνων. Το έργο της Εφορείας περιλαμβάνει την ανασκαφή (σωστική και συστηματική), συντήρηση, φύλαξη και έκθεση αρχαιοτήτων, τη συντήρηση, ανάδειξη και διαμόρφωση μνημείων και αρχαιολογικών χώρων, δραστηριότητες που διέπει ο Ν.3028/2002 «Για την Προστασία των Αρχαιοτήτων και εν γένει της Πολιτιστικής Κληρονομιάς». Παράλληλα με το επιστημονικό έργο, η Εφορεία πραγματοποιεί και διοικητικό έργο, φροντίζοντας για την εφαρμογή της ισχύουσας νομοθεσίας για την προστασία των αρχαιοτήτων. Η επιστημονική μελέτη των αρχαιοτήτων περιλαμβάνει τη δημοσίευση των ευρημάτων και τη διοργάνωση επιστημονικών συναντήσεων.
Η διεκπεραίωση της διοίκησης περιλαμβάνει τον έλεγχο μεγάλων δημόσιων και άλλων έργων (έργα οδοποιίας, ανάπτυξης κλπ) καθώς και έλεγχο και έγκριση ή μη, αιτημάτων οικοδομικού, βιομηχανικού, γεωργοκτηνοτροφικού χαρακτήρα.
Στο πλαίσιο του Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Ηπείρου (ΠΕΠ) 2000-2006 του Γ΄ ΚΠΣ, η ΙΒ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων υλοποίησε το έργο «Συλλογή – ψηφιοποίηση – τεκμηρίωση θεματικών συλλογών του Αρχαιολογικού Μουσείου Ιωαννίνων και σημαντικών αρχαιολογικών χώρων της Ηπείρου». Το έργο είχε ως αντικείμενο τη δημιουργία μιας ολοκληρωμένης υποδομής για την τεκμηρίωση, ψηφιοποίηση και προβολή της ιστορίας της Ηπείρου μέσω του πολύτιμου πολιτιστικού υλικού του Αρχαιολογικού Μουσείου Ιωαννίνων, τόσο για το ευρύ κοινό και τους επισκέπτες της περιοχής όσο και για την εκπαιδευτική κοινότητα. Το περιεχόμενο του εν λόγω υλικού συνίσταται σε 1.400 φωτογραφίες «πολιτιστικών τεκμηρίων» (κινητών ευρημάτων και μνημείων – χώρων).
Στο πλαίσιο των δράσεων που χρηματοδοτήθηκαν από την Κοινοτική Πρωτοβουλία Interreg IIIA Ελλάδα-Ιταλία και που απέβλεπαν στην προώθηση, αξιοποίηση της ιστορικής και πολιτιστικής κληρονομιάς κοινού ενδιαφέροντος, η Εφορεία υλοποίησε τμήμα του έργου «Διαδραστικός, Πολιτιστικός και Εθνολογικός Άτλαντας». Αντικείμενο του έργου ήταν η δημιουργία μοντέλων διαχείρισης του ψηφιακού πολιτιστικού αποθέματος και η προβολή του με έμφαση στην ανάδειξη των τοπικών ιδιαιτεροτήτων της κάθε περιοχής, ως καθοριστικών παραγόντων διαμόρφωσης της ιδιαίτερης πολιτισμικής φυσιογνωμίας τους και του ιστορικού πλαισίου εν γένει. Το σύνολο των παραδοτέων του έργου αξιοποιήθηκε στην Επανέκθεση των Συλλογών του Αρχαιολογικού Μουσείου Ιωαννίνων (στο εξής Α.Μ.Ι.).